Uso de codones en especies de invertebrados

Los sitios sinónimos se consideraban candidatos ideales para ejemplo de sitios selectivamente neutros. En caso de que los sitios sinónimos fueran neutros para la evolución natural entonces, podría esperarse que los distintos codones que codifican para un mismo aminoácido estuvieran presentes en las mismas cantidades. Sin embargo, hay una creciente acumulación de evidencia que muestra que, al menos para especies unicelulares e invertebrados como la mosca de la fruta, hay presiones selectivas actuando sobre los sitios sinónimos. En estas especies ciertos codones sinónimos son selectivamente favorecidos por la selección natural. El conjunto particular de codones favorecidos son específicos a cada especie. Los sesgos en la utilización de bases en los sitios sinónimos correlacionan con los niveles de actividad genética, probablemente en respuesta a sesgos en la concentración de RNAs de transferencia que median la traducción a proteína (Kanaya et al. 1999; Moriyama and Powell 1997; Sharp et al. 1995).