El intestino grueso en humanos puede ser descrito como un complejo ecosistema microbiano. El número de microorganismos presentes en la porción final del intestino humano es de aproximadamente 1011 bacterias por gramo de contenido.

Esta flora intestinal es el resultado de interacciones entre bacterias, huésped, medio externo y tiene una importancia fundamental en el individuo sano así como en el enfermo. Su desarrollo se inicia en el momento del nacimiento y después continúa un proceso lento y gradual que se completa en varios años. La flora del intestino de los niños alimentados con leche materna, contiene un alto porcentaje de bifidobacterias. Con el transcurso de los años después de interrumpir este tipo de alimentación, el número de bifidobacterias comienza a disminuir (Roberfroid ,2000).

Los componentes de la flora intestinal varían de una persona adulta a otra, ya que dependen del medio en el que habita el ser humano, de su alimentación y del patrimonio genético de cada individuo. El ácido gástrico y el peristaltismo normal del intestino delgado limitan la población bacteriana del tracto gastrointestinal alto. El intestino delgado es una zona de transición entre el estómago y el cólon, en el se produce una transición gradual de la microflora Gram positiva a una población Gram negativa. Esta biota varia según el segmento intestinal, por si misma no produce alteraciones, constituyendo un verdadero cultivo autorregulable de microorganismos (Séller, 1998).