Para hacer esto más inteligible explicaré aquí, en pocas palabras, el modo como está compuesta la máquina de nuestro cuerpo (1).

Los espíritus animales tienen diversas formas pues no todos están constituidos por los mismos elementos, ni provienen de los mismos órganos del cuerpo, ni de la misma cantidad de sangre en el corazón. La diversidad de espíritus y los objetos de nuestros sentidos explican todo movimiento de nuestro cuerpo sin recurrir a ningún principio anímico (2).

Sin embargo, Descartes no se queda en el mero tratamiento físico y fisiológico de la cuestión pues, aunque el propósito de Las pasiones no es describir ontológicamente las substancias, si lo es explicar sus funciones y ello implica tanto las funciones del cuerpo como las del alma. De las funciones del alma la primera, naturalmente, es pensar. Nuestros pensamientos se dividen en acciones (voliciones) y pasiones (percepciones y operaciones cognitivas). Descartes ubica las pasiones como un tipo especial de percepciones referidas al espíritu, como sentir en la propia alma los efectos de la percepción, aunque también hay pasiones de la imaginación que son mucho menos vivaces. Descartes define las pasiones como:

Las percepciones, sensaciones o emociones del alma que se remiten particularmente a ella y que, algunos movimientos de los espíritus animales, causan, mantienen y refuerzan (3).

Una vez delimitadas las funciones tanto del cuerpo como del alma, Descartes pasa al desarrollo de la teoría de la interacción entre ambos.

Parte de las nociones ya propuestas en las Meditaciones de que el alma es simple y el cuerpo un conjunto de partes susceptible de descomponerse. Naturalmente, no ha perdido de vista la diferencia ontológica básica que ha establecido: que extensión y pensamiento no admiten características comunes y que el cuerpo y la mente tienen diversas funciones. Sin embargo, la necesidad de la unión parece imponer a Descartes la tarea de buscar la manera de conjuntar lo diverso por definición.

Un primer paso para hablar de la unión entre el alma y el cuerpo es la propuesta cartesiana de que la aproximación no puede darse por el lado de la extensión y su división en partes, absolutamente incompatible con la sustancia pensante, sino por el lado de la unidad y aun "indivisibilidad" del cuerpo cuando se le considera desde el punto de vista de su organicidad o integración orgánica. Aquí, Descartes cambia del enfoque físico del cuerpo como divisible en partes, al biológico de organicidad al afirmar que el cuerpo es uno en vista de que la separación de cualquiera de sus partes lo hace defectuoso. Así, el alma está unida al cuerpo en tanto unidad orgánica y no en tanto extensión divisible.

La explicación de la unión del alma con el todo del cuerpo representa una propuesta límite que no encaja dentro del marco de la ontología dualista cartesiana. En efecto, aunque Descartes alegue que es más fácil, en el orden ontológico, la unión entre substancias que la unión entre substancias y accidentes (argumento que Descartes usa en sus Respuestas contra la objeción de Gassendi de la imposibilidad de la unión alma-cuerpo), el carácter excluyente de las dos substancias (extensión y pensamiento), las hace ontológicamente independientes, esto es, concebibles la una al margen de la otra, y distintas en el orden de lo real, esto es, efectivamente separadas.

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